Covid et arrêt de travail : ce que vous devez savoir

En bref

• 🔎 Covid et arrêt de travail : procédure simplifiée pour test positif ou incapacité, avec droits différents selon le statut.
• 🧾 Certificat médical et démarches : transmission à l’employeur et à la CPAM indispensables pour déclencher les indemnités.
• 💶 Maintien de salaire : cumul des IJSS et des indemnités employeur, souvent 90% du brut minimum, variations selon conventions et prévoyance.
• 🏠 Télétravail, isolement, quarantaine : obligations, justificatifs et impacts sur le calendrier des transactions immobilières.
• 📊 Spécificités indépendants : régimes CIPAV, SSI, auto‑entrepreneurs et prévoyance privée influent sur les montants et périodes de carence.

La circulation persistante du virus transforme encore le quotidien professionnel et les contraintes administratives. Le mot-clé central, Covid, continue d’orienter la gestion des arrêts, qu’il s’agisse d’une infection, d’un contact à risque ou d’une garde d’enfants liée à une fermeture d’établissement. La compréhension des dispositifs d’arrêt de travail est essentielle tant pour les employeurs que pour les indépendants afin de sécuriser trésorerie et projets immobiliers.

Ce panorama contextualise les obligations légales, les mécanismes de versement des prestations et les stratégies de protection financière à mobiliser. Les pratiques observées sur le terrain, notamment en région PACA, montrent des effets concrets sur les délais de signature, la disponibilité des agents et le calendrier des travaux. La lecture détaillée apporte des repères opérationnels, des exemples chiffrés et des checklists utiles pour agir rapidement et sereinement.

Covid et arrêt de travail : droits et démarches pour les salariés

Le salarié qui ne peut pas travailler en raison du Covid doit avertir son employeur sans délai, par tout moyen, puis transmettre un certificat médical ou un arrêt dématérialisé. Cette première étape déclenche l’envoi de l’avis d’arrêt à la Caisse d’Assurance Maladie, condition nécessaire au versement des indemnités par la sécurité sociale. La transmission doit respecter les délais légaux pour préserver le droit aux prestations et éviter des ruptures de revenus.

La réglementation distingue plusieurs situations : arrêt pour infection confirmée, arrêt dérogatoire pour garde d’enfant, et arrêt lié à un isolement prescrit après contact. Pour un arrêt pour infection, le délai de carence classique a été supprimé par mesures exceptionnelles, ce qui signifie qu’il n’y a pas de jour de carence pour l’accès aux indemnités journalières. Dans le cas d’un arrêt hors Covid, la règle générale reste l’application d’un délai de carence de trois jours, sauf dispositions conventionnelles plus favorables.

L’indemnisation combine deux sources : les indemnités journalières de la sécurité sociale et le maintien par l’employeur. Les IJSS sont calculées sur la base du salaire journalier de référence et représentent habituellement 50 % du salaire brut, plafonné et modulé selon la durée et le régime. L’employeur complète généralement par un maintien de salaire prévu par le code du travail ou la convention collective, aboutissant à un minimum de 90 % du salaire brut pour les arrêts liés au Covid, selon les dispositifs mis en place depuis 2020.

Sur le plan pratique, le salarié doit respecter ces étapes : 1) informer l’employeur immédiatement ; 2) obtenir et transmettre le certificat médical à l’employeur et à la CPAM, idéalement dans les 48 heures ; 3) vérifier les dispositions de la convention collective concernant le maintien du salaire ; 4) conserver les justificatifs (tests, courriels, attestations d’école). Ces actions maximisent la fluidité des versements et réduisent les risques de litiges administratifs.

Une précision souvent méconnue : pour un arrêt lié à la garde d’enfants, trois conditions cumulatives doivent être réunies pour bénéficier du dispositif dérogatoire : l’enfant doit être âgé de 0 à 16 ans si son établissement est fermé, le télétravail doit être impossible, et le salarié doit attester sur l’honneur que le conjoint n’est pas également arrêté. Ces critères sont vérifiés au moment du dépôt de l’arrêt.

Cas pratique : Sophie, agent immobilier basée à Nice, a dû poser un arrêt après un test positif confirmé. Elle a immédiatement informé son employeur, transmis l’arrêt médical via le portail CPAM, et consulté sa convention de branche pour confirmer le complément de maintien de salaire. Grâce à cette organisation, les indemnités ont été versées rapidement, ce qui a évité un report des signatures prévues. Insight : la transmission rapide du certificat et la vérification contractuelle empêchent les ruptures de trésorerie pour le salarié.

Covid et arrêt de travail : indépendants, auto‑entrepreneurs et professions libérales

Le régime d’indemnisation des indépendants varie fortement selon l’affiliation. Les professions rattachées à la CIPAV bénéficient de règles spécifiques : la plupart ne perçoivent pas d’indemnité journalière en cas d’arrêt maladie classique, sauf quelques exceptions, tandis qu’un arrêt pour garde d’enfants peut ouvrir droit à une somme forfaitaire. La diversité des statuts rend essentielle la vérification du régime d’affiliation et des conditions applicables.

Pour les affiliés à la SSI (ex‑régime des indépendants), une indemnité journalière est prévue, dont le montant oscille généralement entre 22,54 € et 56,35 €, selon les cotisations et références. Avant la crise, une condition d’ancienneté d’un an était exigée ; les mesures exceptionnelles liées au Covid ont souvent levé cette condition pour permettre un accès immédiat aux prestations. Les auto‑entrepreneurs bénéficient désormais, sous certaines conditions, d’une indemnisation comparable, avec suppression de l’ancienneté et du seuil de revenu lors des épisodes épidémiques.

Les professions libérales médicales disposent de règles particulières : par exemple, certaines caisses complémentaires ont mis en place des montants forfaitaires (≈72 €) pour les arrêts liés au Covid, et des délais de carence réduits. Les praticiens doivent vérifier leur régime (CARPIMKO, RSI historique, etc.) pour connaître l’ampleur des versements. Une prévoyance privée peut compléter ces versements, mais attention au délai d’attente contractuel, souvent de trois mois, qui exclut les arrêts déjà survenus.

Le tableau ci‑dessous synthétise les différences essentielles entre statuts. Il inclut des repères pratiques pour estimer l’impact sur le revenu et la nécessité de souscrire une prévoyance complémentaire.

Statut 🧾	Indemnités Covid 💶	Période de carence ⏳	Conseil
CIPAV 🔒	0 € sauf garde d’enfants (forfait) 💰	Non applicable	Vérifier prévoyance privée 📝
SSI (indépendants) 🛠️	22,54 € à 56,35 € 💶	Suppression de l’ancienneté pour Covid ⏳	Contrôler cotisations pour meilleur calcul
Auto‑entrepreneur 🚀	5,46 € à 56,35 € selon revenus 💵	Ancienneté levée pour Covid	Utiliser simulateur IJSS pour estimation
Professions libérales médicales 🩺	Forfait≈72 € ou pris en charge assurance 💊	Délais réduits (selon caisse)	Consulter caisse et complémentaire

Pour l’indépendant, la souscription d’une couverture de prévoyance apparaît souvent incontournable pour protéger le chiffre d’affaires. Ces contrats complètent les prestations de base et peuvent couvrir hospitalisation, arrêts de longue durée ou perte d’exploitation. Toutefois, souscrire après le déclenchement d’épidémie n’offre pas de couverture immédiate pour des arrêts liés au Covid en raison du délai d’attente de trois mois.

Exemple concret : un consultant indépendant dans la région PACA a connu une interruption d’activité de 14 jours après exposition à un client testé positif. Affilié à la SSI, il a perçu des indemnités journalières couvrant partiellement son manque à gagner. Le recours à une prévoyance privée aurait permis un complément de revenu plus stable, mais la souscription antérieure est nécessaire. Insight : anticiper la prévoyance est la clé de la résilience financière pour les indépendants.

Conséquences financières : indemnités, maintien de salaire et prévoyance

La mécanique financière d’un arrêt de travail lié au Covid repose sur l’articulation entre les indemnités versées par la sécurité sociale et les obligations de l’employeur. Pour les salariés, les IJSS fournissent en général 50 % du salaire brut, complétées par un maintien contractuel ou conventionnel. Si la convention de branche prévoit des dispositions plus favorables, celles-ci priment et peuvent porter la couverture au-delà de 90 % du brut.

Le maintien de salaire par l’employeur varie selon l’ancienneté, la nature du contrat et l’existence d’une prévoyance collective. Le maintien légal hors Covid prévoit un complément de 40 % du salaire brut après un délai de carence, mais les mesures exceptionnelles pour la pandémie ont supprimé ce délai pour les arrêts liés au virus. Les cadres soumis à une prévoyance collective peuvent bénéficier de règles encore plus favorables, parfois sans délai de carence et avec des niveaux de compensation supérieurs.

Pour les indépendants, l’impact financier dépendra du régime d’affiliation et de l’existence d’un contrat de prévoyance. Beaucoup de professions libérales couvrent partiellement les arrêts via des caisses spécifiques, mais ces montants restent insuffisants pour compenser la perte d’activité. La prévoyance privée offre des indemnités contractuelles plus élevées, mais exige un délai d’attente avant prise d’effet et des cotisations proportionnelles au niveau de protection choisi.

Conseils pratiques pour limiter l’impact sur le salaire et la trésorerie :

• 🔍 Vérifier immédiatement la convention collective pour connaître le niveau de maintien applicable.
• 📁 Centraliser les justificatifs (arrêt, test, correspondances) pour accélérer les demandes de remboursement.
• 💼 Mettre en place, si possible, une activité partielle ou un aménagement pour limiter la perte de revenus.
• 🛡️ Pour les indépendants : comparer offres de prévoyance en intégrant délai d’attente et exclusions.
• 📊 Simuler l’impact sur trésorerie à 7, 14 et 30 jours pour anticiper les besoins de trésorerie.

Une ligne budgétaire souvent ignorée est la possibilité d’utiliser des indemnités exonérées d’impôt sous conditions pour les frais de santé ou l’hébergement lors d’isolement. Les gestionnaires de patrimoine et les comptables peuvent proposer des solutions de trésorerie temporaires, telles que des lignes de crédit court terme, pour préserver la continuité d’activité des acteurs immobiliers.

Étude de cas : une PME de promotion immobilière en PACA a connu plusieurs arrêts simultanés de personnels administratifs après une contamination en 2024. La combinaison des IJSS et du maintien salarial a limité l’impact sur la paie, mais les délais de versement ont créé un besoin de trésorerie immédiat. La société a sollicité une facilité bancaire à court terme et ajusté les plannings de livraison. Insight : anticiper et modéliser les scénarios financiers est indispensable pour maintenir le calendrier des projets immobiliers.

Télétravail, isolement et quarantaine : obligations, certificat médical et organisation

La mise en place du télétravail modifie profondément la gestion des arrêts. Si l’état de santé permet le travail à distance, l’arrêt n’est pas nécessaire ; le salarié doit alors en informer l’employeur et convenir des modalités. En revanche, si l’état empêche toute activité, un certificat médical d’arrêt reste nécessaire pour ouvrir le droit aux indemnités. L’équilibre entre sécurité sanitaire et continuité d’activité repose sur une communication claire et des procédures internes définies.

L’isolement prescrit par un professionnel de santé emporte des obligations spécifiques : le salarié doit rester à son domicile, suivre la durée de quarantaine recommandée et fournir les justificatifs demandés. La quarantaine diffère de l’isolement en nuance technique, mais les conséquences pratiques sur l’emploi du temps sont similaires. L’employeur peut demander la preuve de l’obligation d’isolement via l’arrêt ou l’attestation fournie par l’assurance maladie numérique.

Sur le plan organisationnel, les équipes doivent disposer de procédures pour basculer rapidement entre présentiel, télétravail et arrêt maladie. Les éléments clés incluent la cartographie des tâches critiques, la délégation de signature, et l’accès sécurisé aux documents. Dans le secteur immobilier, la gestion des visites, des signatures électroniques et des relations avec les notaires nécessite une attention particulière pour éviter les reports coûteux.

Cas pratique opérationnel : un agent immobilier en vacances a été contacté comme cas contact et mis en isolement. Ne pouvant assurer les visites, il a transféré les rendez-vous à une collègue et utilisé la signature électronique pour finaliser un compromis. Le certificat médical a permis de déclencher les IJSS et a rassuré le client sur la validité administrative des démarches. Insight : un plan de continuité simple et connu de tous réduit les pertes opérationnelles lors d’un arrêt.

Bonnes pratiques RH pour gérer télétravail et isolement :

• 📌 Mettre en place une procédure de notification et d’archivage des arrêts.
• 🔐 Prévoir un accès distant sécurisé aux dossiers pour les remplaçants.
• 📞 Organiser une cellule de coordination pour redistribuer les tâches urgentes.
• 🧰 Former les collaborateurs aux outils de signature électronique et de visioconférence.

Synthèse : actions prioritaires pour employeurs, indépendants et investisseurs

Le panorama des règles en matière de Covid et d’arrêt de travail impose une adaptation opérationnelle et financière. Pour les salariés, l’objectif est de sécuriser la transmission du certificat médical et de vérifier la convention collective afin de bénéficier d’un maintien de salaire optimal. Pour les indépendants, l’anticipation d’une prévoyance complémentaire et la connaissance précise de l’affiliation (CIPAV, SSI, etc.) sont déterminantes pour la stabilité du revenu.

Au niveau des entreprises, la mise en place d’un protocole clair intégrant télétravail, délégation des tâches essentielles et gestion des preuves d’isolement ou de quarantaine réduit considérablement les risques opérationnels. Sur le plan financier, simuler l’impact d’arrêts successifs sur la trésorerie permet de prévoir des solutions rapides : facilité de caisse, assurance perte d’exploitation, ou recours à des intérims. Ces mesures s’avèrent particulièrement pertinentes dans le secteur immobilier où les délais et les rendez-vous créent une haute sensibilité aux absences.

Checklist actionnable :

• ✅ Vérifier et archiver conventions collectives et clauses de prévoyance.
• ✅ Mettre en place un plan de continuité incluant télétravail et délégation.
• ✅ Simuler l’impact sur trésorerie pour 7/14/30 jours.
• ✅ Conseiller aux indépendants la souscription précoce d’une prévoyance.
• ✅ Former les équipes à la gestion administrative des arrêts et à la signature électronique.

Enfin, pour les investisseurs et gestionnaires de patrimoine, comprendre ces mécanismes permet d’évaluer le risque locatif et la solvabilité des locataires ou partenaires. Sur le terrain en PACA, les observateurs notent que les périodes d’isolement ont parfois accéléré la digitalisation des processus immobiliers, réduisant le risque de blocage des opérations. Insight final : la combinaison d’une gouvernance préventive, d’outils numériques et d’une couverture financière adaptée constitue la meilleure réponse aux aléas sanitaires.

Comment obtenir un arrêt de travail en cas de test positif au Covid ?

Un médecin délivre l’arrêt sur la base d’un test positif. Il faut informer l’employeur rapidement et transmettre le certificat médical à la CPAM pour déclencher les indemnités.

Quelles différences entre IJSS et maintien de salaire employeur ?

Les IJSS sont versées par la sécurité sociale et représentent généralement 50 % du salaire brut. Le maintien de salaire par l’employeur complète ce montant selon la convention collective pour atteindre un niveau contractuel souvent autour de 90 % du brut en cas de Covid.

Les indépendants touchent-ils des indemnités pour un arrêt Covid ?

Oui, selon le régime : la SSI et les auto‑entrepreneurs peuvent percevoir des IJSS forfaitaires. Les affiliés à la CIPAV ont des règles plus restrictives. Une prévoyance privée peut compléter ces prestations.

Le télétravail évite-t-il systématiquement l’arrêt de travail ?

Si l’état de santé permet le télétravail, l’arrêt n’est pas justifié. En revanche, si la santé empêche tout travail, un certificat médical est nécessaire. L’employeur et le salarié doivent évaluer la capacité à travailler à distance.